Laboratoria mikrobiologiczne są akredytowane według normy ČSN EN ISO 15189:2007 i ČSN EN ISO/IEC 17025:2005 przez Czeski Instytut Akredytacji z siedzibą w Pradze.
Laboratoria LK są włączone do systemu wewnętrznej i zewnętrznej kontroli jakości pracy laboratorium, co przedstawia jeden z warunków sukcesu w procesie akredytacji według ČSN EN ISO 15189:2007 i ČSN EN ISO/IEC 17025:2005.
Laboratoria Instytutu Zdrowia mają zaprowadzony system jakości (QA/QC), którego część składową przedstawia udział w zewnętrznych kontrolach jakości w renomowanych organizacjach w Republice Czeskiej i poza granicami kraju.