Instytut Zdrowia współpracuje z czołowymi fachowcami w Republice Czeskiej i poza granicami kraju. Do najbardziej znaczących projektów w dziedzinie mikrobiologii należy współpraca w studiach:
- EARSS (European Antimicrobial Rezistence Surveillance System), dotyczy monitorowania rezystencji wytypowanych typów bakterii
- Artemis Disk 2005 - Antifungal Surveilance Study (testowanie klinicznie znaczących izolowanych typów wywołujących grzybice (Candida, Aspergillus i inne.)
- współpraca z European Society of Clinical Microbiology and Infectious Disease Study Group w zadaniach:. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe a. European Surveillance Study on Antibiotic Sensitivity of Propionibacterium acnes strain